Mac nazywa archeologa „Jonesey”. To nowy pseudonim Indy’ego, po Indianie, Indym, profesorze Jonesie, Juniorze i Henrym. Warto w tym miejscu wskazać na kilka analogii z filmem Ridleya Scotta Obcy z 1979. Załoga Nostromo miała na pokładzie kota o imieniu Jones. Często wołali go Jonesey. John Hurt zagrał w produkcji Scotta pierwszą ofiarę Obcego. Ponadto na liście płac znaleźć można Harry’ego Deana Stantona. W Królestwie Kryształowej Czaszki dziekan Charles Stanforth pierwotnie nazywał się Stanton, czyli Dean Stanton (po angielsku dean znaczy dziekan).
Mutt na lianach to bezpośrednie nawiązanie do postaci Tarzana, a dokładniej do filmu Triumf Tarzana z 1943. W nim to bowiem Tarzan razem z synem próbują przeszkodzić nazistom w podboju Zaginionego Miasta. Niemcy mają nadzieję, że zdobyte skarby ułatwią im wygranie wojny. W pewnym momencie stado małp pomaga głównemu bohaterowi pokonać wrogów. Co ciekawe obraz zawiera również scenę, gdy samolot przeciwników Tarzana spada, ponieważ ptaki wpadły między śmigła – analogia do Ostatniej krucjaty.
A skoro już przy tej scenie z trzeciej części jesteśmy, to pomoc małp w odparciu ataku Spalko i odzyskaniu czaszki w pewien sposób nawiązuje do pomysłu Jonesa Sr., aby posłużyć się mewami do strącenia samolotu.
Scena, w której stado małp szturmuje samochód Spalko, stanowi odniesienie do filmu Wernera Herzoga Aguirre, gniew boży z 1972. Tam zwierzęta wtargnęły na tratwę głównego bohatera, który w pewnym momencie złapał jedno i rzucił. Ponadto protagoniści w obrazie Herzoga szukali El Dorado.
Zgodnie z tradycją serii Indiana musiał na swojej drodze napotkać jakieś pełzające lub łażące paskudztwa. Zmagał się już z wężami, robakami i szczurami. Tym razem padło na mrówki. Pojawiły się one już w jednej wersji scenariusza do trzeciej części.
Oprócz nawiązywania do wypracowanej poprzednimi częściami tradycji umieszczenie w najnowszej odsłonie mrówek stanowi zgrabne odwołanie do kilku produkcji. Przede wszystkim do Nagiej dżungli z Charltonem Hestonem nakręconej w 1954 (zdjęcie po lewej). Tam główny bohater również zmagał się z owadami. Także MacGyver w szóstym odcinku pierwszego sezonu pomagał przyjacielowi bronić plantacji przed hordą mrówek. Podobnie jak Simon Templar, czyli Święty. W dziewiątym epizodzie szóstego sezonu powstrzymywał powiększone na skutek eksperymentów insekty. Zmutowane mrówki stanowiły z kolei główny problem protagonistów obrazu One! z 1954 roku.
Mrówki pojawiły się również w Król Skorpion Chucka Russella z 2002. Tytułowy bohater został zakopany po szyję i zostawiony na pastwę owadów. Podobnie jak w Indianie Jonesie i Królestwie Kryształowej Czaszki mrówki są czerwone.
W każdej z poprzednich części Indiana Jones stoczył ciężką walkę na pięści i wszelkie inne rzeczy pod ręką ze znacznie silniejszym i większym przeciwnikiem: z nazistowskim mechanikiem a także z Giant Sherpa w nepalskiej karczmie (ten sam aktor odtwarzał obie negatywne postaci – patrz niżej) w Poszukiwaczach zaginionej Arki,
z szefem strażników w Indiana Jones i Świątynia zagłady,
z Vogelem na pokładzie czołgu w Indiana Jones i Ostatnia krucjata.
Powyższe postacie zagrał Pat Roach (za wyjątkiem Vogela, w którego wcielił się Michael Byrne, Roach również wystąpił w trzecim ogniwie serii, ale właściwie tylko na drugim planie. Można go dostrzec powyżej na zdjęciu po prawej). I zapewne to on dostałby rolę Dovchenki w najnowszej odsłonie serii. Niestety aktor umarł w 2003. Spielberg znalazł zastępstwo w osobie Igora Jujikinego. I tym razem to jego bohater spuścił manto Indianie.
Podczas walki, po szczególnie silnym ciosie, Indy leży na ziemi i daje znak przeciwnikowi, żeby ten chwilę poczekał. W Poszukiwaczach zaginionej Arki Jones uczynił podobny gest.
W Poszukiwaczach… Indiana w karczmie w Nepalu powiedział do Marion „Trust me” („Zaufaj mi”). W czwartej części kobieta odpłaca mu tym samym.
W poprzednich częściach twórcy umieścili kilka nawiązań do sagi Gwiezdne wojny. W Poszukiwaczach zaginionej Arki było to oznaczenie samolotu Jocka – OB CPO (skrót od imienia bohatera Obi-Wan oraz nazwy robota C-3PO) oraz postacie C-3PO i R2-D2 na ścianie w studni dusz.
W Indianie Jonesie i świątyni zagłady klub, z którego uciekają Indiana i Willie, nosi nazwę Club Obi Wan. Natomiast w trzeciej części, gdy Walter Donovan wchodzi do salonu, w pomieszczeniu za nim odbywa się przyjęcie. Słychać, jak na pianinie ktoś gra Marsz Imperialny Johna Williamsa. Melodia ta została skomponowana na potrzeby Imperium kontratakuje.
Również w Królestwie Kryształowej Czaszki da się znaleźć powiązania z cyklem Lucasa. Na jednym z wielu kafelków sali tronowej Akatoru można dostrzec podobizny robotów C-3PO i R2-D2. Zdjęcie po prawej pochodzi z materiałów dodatkowych na DVD. Na innym kafelku znajduje się ponoć podobizna E.T.
Nawiązań do Gwiezdnych wojen ciąg dalszy. W Akatorze Indiana mówi „I have a bad feeling about this” („Mam co do tego złe przeczucie”). W każdej z części gwiezdnej sagi któryś z bohaterów wymawiał te słowa: w Mrocznym widnie Obi-Wan Kenobi, w Ataku klonów Anakin Skywalker, w Zemście Sithów ponownie Obi-Wan Kenobi, w Nowej nadziei Luke Skywalker oraz Han Solo (grany przez Harrisona Forda), w Imperium kontratakuje Leia Organa oraz C-3PO w Powrocie Jedi. Również młody Indy w serialu Kroniki młodego Indiany Jonesa wypowiada kilka razy powyższe zdanie.
Także śmierć głównej negatywnej bohaterki utrzymano w duchu poprzednich – zabija ją moc artefaktu. Podobnie zginęli Dietrich, Toht i Belloq w Poszukiwaczach…, Mola Ram w drugiej odsłonie serii oraz Walter Donovan w trzeciej części.
Latający spodek przypomina występujące w filmie Latające talerze (Earth vs. The Flying Saucers) Freda F. Searsa. Produkcja ta stanowiła jedną z głównych inspiracji skryptu Indiana Jones and the Saucermen from Mars, z którego wiele rzeczy w niezmienionej formie David Koepp przeniósł do finalnego scenariusza czwartej części przygód archeologa.
Indiana, Marion, Mutt i Oxley podczas ucieczki z Akatoru trafiają do małego, okrągłego szybu. Następnie zalewa ich woda i unosi. Podobną scenę można znaleźć w Szklanej pułapce 3 z 1995 Johna McTiernana, gdy John McClane znajduje się w akwedukcie, który zalewa Simon. Również Podróż do wnętrza Ziemi z 1958 Henry’ego Levina zawiera bliźniaczą sekwencję ujęć, tam jednak to lawa winduje bohaterów siedzących w skalnej niecce.
Po ucieczce z piramidy Indy i ekipa stoją na szczycie i patrzą na kataklizm w dolinie. Podobne ujęcie znalazło się w filmie Robinson Crusoe on Mars Byrona Haskina z 1964. Również w Coś Johna Carpentera z 1982 można dopatrywać się analogii.
Scena, w której cała dolina zaczyna wirować i wszystko się wali, przypomina końcówkę Mumia powraca z 2001 Stephena Sommersa. Tam też wielki wir wciągnął piramidę wraz z przyległościami (zdjęcie po prawej).
Pod koniec filmu Indiana zwraca się do Mutta „Junior” (choć sam tego określenia nie znosił), a młody człowiek akceptuje Jonesa jako swojego ojca. Scena ta stanowi analogię do relacji Indy’ego i Henry’ego z Ostatniej krucjaty. Tam to starszy mężczyzna w końcu zaakceptował pseudonim młodszego. W tle rozbrzmiewa melodia z trzeciej części przygód archeologa.
Źródła podają, iż faceta malującego napis na drzwiach Indiany pod koniec filmu odtwarza ten sam aktor, który wcielił się w przeciwnika Marion w pijackim pojedynku w Poszukiwaczach zaginionej Arki.
Ślub z Marion to nie pierwszy ożenek archeologa. W książce Indiana Jones i taniec olbrzymów Indy poznał Deirdre Campbell i stanął z nią na ślubnym kobiercu. Niestety w Indianie Jonesie i siedmiu zasłonach Deirdre zginęła w katastrofie lotniczej. Obie pozycje zostały opublikowane w Polsce przez wydawnictwo Amber (a wcześniej przez wydawnictwo Orbita). Napisał je Rob MacGregor. W nowelizacji Poszukiwaczy zaginionej Arki pióra Campbella Blacka znajduje się również wzmianka, iż Jones był o krok od ślubu z kobietą o imieniu Rita.