Mateusz urodził się jako długo wyczekiwany syn króla Bronisława I. Opływając we wszelkie bogactwa i otoczony miłością rodziców i poddanych, książę niestety wyrasta na nieposłusznego młodzieńca. Łamiąc zakaz ojca, Mateusz udaje się na nocne polowanie, na którym zabija Króla Wilków i Wilkołaków. Niestety – rana odniesiona od wilczych kłów jest nieuleczalna. Gdy wszyscy królewscy medycy bezradnie rozłożyli ręce, nagle mocą magii na dworze Bronisława I pojawia się doktor Paj-Chi-Wo, nadworny medyk Wielkiego Cesarza Chin. Uleczywszy śmiertelną ranę, doktor wręcza księciu Cudowną Czapkę Bogdychanów, która ma go uchronić przez straszliwą zemstą wilczych hord, które w niedalekim czasie zalewają królestwo rzeką krwi. Książę Mateusz w ostatniej chwili unika śmierci, zamieniając się w szpaka, lecz brak guzika przy czapce uniemożliwia powrót do ludzkiej postaci. Złapany przez łowcę ptaków i wystawiony na targowisku w Klechdawie, mówiący szpak przykuwa uwagę profesora Ambrożego Kleksa…
Adaś poprzysięga Mateuszowi odnaleźć guzik z Czapki Bogdychanów. Gdy po powrocie do Akademii Niezgódka przypomina sobie lekcję pana Kleksa o sztuce latania, nagle sam unosi się w powietrze. Lecąc ku nowym przygodom, Adaś ląduje w Psim Raju. Powitany przez swego dawnego pieszczocha Reksa, zwiedza pełne słodyczy miniaturowe miasteczko. W tym samym czasie w swoim laboratorium Golarz Filip prezentuje swój najnowszy wynalazek. Powróciwszy do jesiennej już Akademii, Adaś, razem z kolegą Antonim, odnajdują ukrytą w leśnej gęstwinie krainę Smutnej Księżniczki, która sugeruje Adasiowi, że guzik do czapki Mateusza znajduje się w Akademii. Wieczorem zaś rozpoczynają się wydarzenia, których przebieg zagrozi całej Akademii. Oto Golarz Filip przyprowadza do pana Kleksa swoją pociechę – Adolfa. Przyjmujący ich u progu Adaś i Anastazy nie podejrzewają, że oto przebiegły fryzjer umieścił w murach Akademii swój wynalazek, pozbawioną uczuć mechaniczną lalkę. Adolf, ożywiony przez pana Kleksa, sieje popłoch i destrukcję w szeregach Akademii. Przerywa projekcję wizji Trzeciego Oka, kosmicznej sondy pana Kleksa, rozpędza wizytę bajkowych postaci, zaproszonych na tę uroczystość, a podczas Wigilii włamuje się do bezpiecznych dotąd Sekretów profesora. Pan Kleks za karę wyłącza mechaniczną lalkę, co wzbudza gniew Golarza Filipa, chcącego już dawno zniszczyć Akademię…
Krzysztof Gradowski w ponurych czasach stanu wojennego stworzył film niezwykły. Podczas gdy nasi rodzimi twórcy kręcili poważne dramaty społeczno-obyczajowo-psychologiczno-zaangażowane, a jedynymi dostarczycielami ekranowej rozrywki byli Juliusz Machulski i Stanisław Bareja, Akademia pana Kleksa zadziwiła radością, optymizmem i baśniową cudownością.
Reżyser z niespotykaną witalnością i energią zaserwował kolorowy świat dziecięcych marzeń, gdzie przygoda czeka nawet na szarym podwórku Adasia Niezgódki. Nie jest to jednak nudna bajkowość „na klęczkach”, o którą najłatwiej. Gradowski połączył pogodny świat pana Kleksa z mrocznym pochodem wilków, złowrogim laboratorium Golarza Filipa i klasyczną baśniową scenerią opowieści szpaka Mateusza.
Mało tego – w filmie jest także miejsce na sekwencje rysunkowe (czołówka i „sen o siedmiu szklankach”), muppetopodobne Psie Niebo, a nawet kawałek kina eksperymentalnego (wizje Trzeciego Oka). Pomimo tego rozrzutu stylistycznego, w Akademii… zachwyca mnogość bajkowych krain i miejsc, w których magia i zaklęcia są na porządku dziennym. Do tej pory zadziwia konsekwencja Krzysztofa Gradowskiego, który brawurowo przeniósł na ekran tak niezwykłe pomysły, jak chociażby słynna „kleksografia”. Z punktu widzenia techniki efektów specjalnych, wykonanie takiej sekwencji w siermiężnych polskich warunkach, wymagającej ścisłego dopasowania animacji rysunkowej z żywym obrazem, to najprawdziwsza magia, godna doktora Paj-Chi-Wo. Przekonujący okazał się także wybór siedziby Akademii. Z zewnątrz zagrał ją zespół pałacowo-parkowy w Nieborowie.
Drugą siłą napędową filmu był Piotr Fronczewski, który zagrał rolę swego życia. Nie sposób wyobrazić sobie pana Kleksa bez charakterystycznej dla tego aktora mieszanki ekspresji i melancholii.
Kleks to z jednej strony szanowany profesor i czcigodny mentor gromadki urwisów, odkrywający drzemiące w nich pokłady wyobraźni, a jednocześnie ktoś w rodzaju starszego, doświadczonego kolegi, nadającego na tych samych falach. Fronczewski, łącząc dziecięcą wręcz radość wspólnego przeżywania wspaniałych przygód z charyzmatycznym nauczycielskim tonem, uniknął pułapki taniego psychologizowania i budowania wokół siebie otoczki niedostępnego autorytetu. Jakże to odległe od zachowań sztywnego i poważnego ciała pedagogicznego Hogwartu z serii o Harrym Potterze (może za wyjątkiem przyjaznego prof. Dumbledore’a). Skojarzenie tych filmów narzuca się niemal automatycznie. Oglądając pierwszy film z Potterowej serii, można poczuć się znowu jak 10-letni dzieciak, który wiele lat temu po raz pierwszy zobaczył w kinie Akademię pana Kleksa. Zresztą przygody Harry’ego i Adasia były bardzo podobne, ale na korzyść dużo skromniejszego filmu Krzysztofa Gradowskiego przemawia (dosłownie!) genialny głos Piotra Fronczewskiego, szczególnie w piosenkach, skomponowanych przez Andrzeja Korzyńskiego.
Mówi się, że najcenniejsze filmy to te, które oglądane w dzieciństwie z wypiekami na twarzy, nic nie tracą ze swego uroku po latach, gdy jako dorośli ponownie chcemy przeżyć kolorową baśń lat młodzieńczych. Akademia pana Kleksa to właśnie taki film. Oczywiście, że dzisiejszy trzydziestolatek jak na dłoni zobaczy wszelkie niedoróbki, pobożne życzenia twórców, niezbyt trafne pomysły, archaiczne rozwiązania trikowo-scenograficzne i naiwną bajkowość świata przedstawionego. Ale pozostał ten niezapomniany, szczery dziecinny zachwyt, który po 20 latach nadal pozwala cieszyć się tą bajką. To chyba największy sukces Akademii pana Kleksa.
